La llarga història de la formació dels candidats al ministeri sacerdotal començà certament amb la restauració de l’Església de Mallorca després de la Conquesta pel Rei Jaume I. Des del segle XIII els Bisbes cuidaren que, primerament al Convent de Sant Domènec de Ciutat; i després a la Seu, en la seva escola catedralícia pràcticament fins al segle XVI amb mestres dominics, els futurs preveres rebessin la necessària formació teològica. Després, amb la fundació a Ciutat del Col·legi de Montision l’any 1561 pels Pares de la Companyia de Jesús, els jesuïtes tindran un servei qualificat amb l’ensenyament teològic del clergat mallorquí.  

El Concili de Trento a 1563 manà que a cada diòcesi s’establissen Seminaris conciliars per a la formació dels futurs preveres. Va passar molt de temps perquè a Mallorca fos una realitat. Gràcies al canonge Bartomeu Llull, a 1635 havia començat el Pontifici Col·legi Major de la Mare de Déu de La Sapiència. Els seus alumnes anaven a Montision per a estudiar teologia. Però mancava la decisió dels Bisbes que trobaven, també s'ha de dir, molts d’obstacles, sobretot econòmics, per fundar el necessari Seminari tridentí a Mallorca. Els Jurats a 1589 havien demanat al Papa Sixt V que aprovàs a la Seu una partida dedicada a recollir almoines per a fundar el Seminari. El poble ho demanava, perquè patia la urgència de preveres més preparats. I en fer la visita ad limina a Roma, els bisbes mallorquins es veien interpel·lats per la Sagrada Congregació del Concili, que llavors urgia l’aplicació del Concili de Trento.  

Què passava a Mallorca, que no es fundava el Seminari? En realitat no es trobava la solució econòmica desitjada que asseguràs una continuïtat una vegada començada la marxa de la institució. Fins i tot després de fundat el Seminari, aquest problema continuarà existint durant llarg temps. El Bisbe Bernat Cotoner (1671-1684) morí sense haver aconseguit el que ell tant es va proposar, fundar el Seminari i en anar a Roma l’any 1681 va queixar-se de la manca de col·laboració del seu presbiteri en aquest assumpte tan vital per a la Diòcesi.  

Va ser el Bisbe Pere d'Alagó que davant la insistència continuada de la Santa Seu, va prendre la decisió de fundar el Seminari. L’any 1699 foren elegits els diputats que segons el Concili de Trento havien d’encarregar-se a cada diòcesi d’organitzar el Seminari. Després de cercar el lloc més adient es va pensar en una part del Palau Episcopal, però finalment es va optar per l’actual Casa de l’Església, que havia estat un temps monestir de les caputxines i que en aquell moment era propietat dels jesuïtes. Adquirit aquell conjunt de cases velles, s’aprofità el que ja hi havia i al juny de 1700, el dia de Sant Pere, amb una celebració de la Missa a la Seu participada pel poble amb molt d’ànim pel fet tan esperat, els primers tretze seminaristes iniciaren l’existència del Seminari Conciliar de Mallorca. 

L’any 1829 davant la supressió de la Universitat de Mallorca, lloc habitual d’estudi per als seminaristes, el bisbe Pérez de Hirias erigí al seminari tres càtedres de filosofia i dues de teologia i l’any 1832 se n’afegiren dues més. L’any 1835 s’afegiren les de llatí i humanitats. D’aquesta manera quedava completament acomplert el decret tridentí. Entorn d’aquells anys s’hagué de tancar el seminari (1836-1845) a causa dels grans aldarulls causats per l’ambient polític que impregnava tota la societat mallorquina.  

L’any 1887 era nomenat rector del Seminari pel Bisbe Cervera D. Miquel Maura, germà del president Maura, i home de grans inquietuds. Feu construir la nova capella del Seminari d’estil gòtic per donar cabuda a la gran quantitat de seminaristes. El bisbe Campins atorgà al seminari un nou pla d’estudis més equilibrat que l’anterior. També fundà els certàmens científco-literaris en que participaven els seminaristes. El 1909 fou creada l’Schola Cantorum del Seminari i un any després començava el museu bíblic.  

L’any 1948 els seminaristes eren 211, nombre excessiu per a les instal·lacions del Seminari, fet que obligà a usar les dependències de l’antic convent dels agustins fins a trobar-hi una solució. Aquell mateix any, D. Joan Mas feu donació d’uns solars a Son Gibert i el 12 de juny del 1949 hi era col·locada la primera pedra de l’anomenat Seminari Nou. L’any 1953 ja s’hi pogueren establir els seminaristes menors i l’any següent els filòsofs. El curs 1956-57 tots els seminaristes ja es trobaven en la nova casa i l’any 1960 era beneïda la Capella i consagrat l’altar.

A causa de la devallada de vocacions i ja que l’edifici era considerat desmesurat per a la nova situació, es decidí traslladar la seu del Seminari a dins Ciutat, i després de diferents emplaçaments com puguin ser l’Almoina i la Criança, es decidí l’any 1985 establir-se al Col·legi de la Sapiència.