El cicle institucional consta de sis cursos. Els dos primers són dedicats especialment a l'estudi de la Filosofia amb una introducció a les ciències teològiques. Els quatre darrers són constituïts per estudis de Teologia sistemática, Sagrada Escriptura, Teologia moral, Història de I'Església i Pastoral. Aquest cursos institucionals són necessaris per a I'ordenació presbiteral i s'imparteixen segons les normes de la Santa Seu, les orientacions de la Conferència Episcopal Espanyola -concretades en el pla d'estudis vigent al CETEM- i de la Facultat de Teologia de Catalunya. El cicle institucional culmina normalment en la titulació de Batxillerat en Teologia, atorgat per la dita Facultat de Teologia de Catalunya, a la qual és afiliat el CETEM. El títol de Batxiller en Teologia s'aconsegueix segons les normes d'aquesta Facultat, que consten al final del pla docent. Té equivalència civil com a Llicenciatura en Estudis Eclesiástics.
Primer	Història de la Filosofia: Antiga i Medieval (6 crèdits), Lògica i Teoria del Coneixement (4), Metafísica (4), Antropologia filosòfica (4), Fenomenologia i història de les Religions (4), Llatí eclesiàstic (3), Metodologia científica (2), Introducció a la Teologia: (3), Introducció a la Sagrada Escriptura (4), Art sagrat (2), Llengua i literatura catalanes (4).
Segon	Història de la Filosofia moderna i contemporània (7), Filosofia de la naturalesa i de la ciència (3), Teodicea i Filosofia de la Religió (5), Ética filosòfica (4), Psicologia general i de la Religió (4), Sociologia general i de la Religió (4), Filosofia i ciències del Llenguatge (3), Grec bíblic (3), Història de l'Església antiga i medieval (4), Introducció a la Història de la Salvació (3).
Tercer	Pentateuc i llibres històrics (4), Llibres profètics (3), Evangelis de Marc i de Mateu (4), Orígens del Cristianisme (2), Teologia de la Revelació i de la Fe (4),  Teologia del misteri de Déu u i tri (5), Teologia Moral fonamental (5), Litúrgia fonamental (3), Patrologia i Patrística (4), Història de les Esglésies i Confessions Cristianes (2), Doctrina Social de l'Església (2), Seminari (2).
Quart	Evangeli de Lluc i Fets dels Apòstols (3), Cristologia sistemática (6), Eclesiologia i Pneumatologia (6), Mariologia (2), Teologia general dels Sagraments (3), Teologia Moral de la Persona (5), Història de I'Església moderna i contemporània (5), Dret Canònic (6), Dret públic eclesiàstic (2), Seminari (2).
Cinquè	Llibres Sapienciais i Salms (3), Corpus Joànic (4), Antropologia Teológica I (5), Antropologia Teològica II (4), Escatologia (3), Baptisme i Confirmació (3), Eucaristia (4), Teologia Moral Social (5), Teologia de la Vida espiritual (3), Teologia Pastoral (4), Seminari (2).
Sisè	Escrits de sant Pau (4), Cartes catòliques i llibre de l'Apocalipsis (2), Teologia dels sagraments de la Penitència, Unció, Orde i Matrimoni (4), Teologia del sacerdoci ministerial (3), Catequètica fonamental i pedagògica (4), Història de la Teologia (4), Moral de la Peniténcia i del Matrimoni (3), Homilética (2), Litúrgia de les Hores i Any litúrgic (3), Dret canònic II (3), Història de I'Església de Mallorca (4), Síntesi teològica (4).